1884 wurde der Bahnhof feierlich an der noch eingleisigen Strecke zwischen Scherfede und Holzminden (ehemalige Kursbuchstrecke der Bundenbahn Nr. 249) eröffnet.

Um 1900 und 1930 wurde das Stellweksgebäude 2 mal erweitert um u.a. für den zweigleisigen Ausbau genug Platz für das damals moderne Hebelstellwerk zu finden.

Nach dem Zweiten Weltkrieg hatte der Abschnitt von Holzminden nach Wehrden eine letzte Blütezeit.

Da die Weserbrücke der Bahnstrecke Altenbeken–Kreiensen bei Corvey zerstört war, baute man nordwestlich von Wehrden eine Verbindungskurve („Engländerkurve“) und ermöglichte so Fahrten von Holzminden nach Altenbeken über die Fürstenberger Brücke.

 Ab 1954 war die andere Weserbrücke wieder instandgesetzt, sodass der zusätzliche Verkehr zurückging.

So sank die Strecke zu einer regionalen Erschließungsbahn herab, auch wenn sie bis zum Schluss von einem D-Zug Aachen–Holzminden–Braunschweig genutzt wurde. 

Darüber hinaus wurde sie bis Anfang der 1990er Jahre häufig für den Transport von Fahrzeugen und Panzern der NATO-Streitkräfte genutzt. Die Britische Rheinarmee war hierbei für die Instandhaltung der Weserbrücke Fürstenberg zuständig.

 Am 2. Juni 1984 endete der Personenverkehr.

Auch der Bahnhof wurde als Betriebsstelle 1984 von der Bundesbahn aufegegeben und an den letzten Bahnhofsvorsteher Erich Menke verkauft, der aus der Sammlung der Stecke das Bahnhofsmuseum eröffnete, sowie selbst nach Renoverung in der nun ehemaligen Dienstwohnung seinen Lebensabend verbrachte.

 Der Güterverkehr wurde zwischen 1984 und 2001 abschnittsweise im Rahmen von MORA-C eingestellt: 

  - Am 30. Mai 1984 Beverungen–Borgholz

  - Am 31. Mai 1988 Fürstenberg–Beverungen

  - Am 31. Mai 1992 Holzminden–Fürstenberg und Borgholz–Nörde

  - Zuletztam  10. Juni 2001 Nörde–Scherfede.

Mit dem Tod von Erich Menke 2006 und dem Abbau der Gleise im selben Jahr, endete auch die Geschichte des Museums ca 2008.

Da der Weiterbetrieb als Museum nicht gewähleistet war und sich auch kein Käufer finden konnte, wurde das Museum 2011 Ausverkauft.

Fast alle ehemaligen Exponate sind nun weit verstreut.

Nach weiteren 5 Jahren Leerstand ist das Gebäude nun in Privatbesitz und wird als Wohnhaus genutzt und ist nun nicht mehr öffentlich zugänglich

Der erhalt des Gebäudes für die Nachwelt ist so aber gesichert.